Quando se fala em contratos de trabalho, existe uma importante distinção em relação aos contratos civis, principalmente no que se refere à liberdade para negociar sobre direitos estabelecidos em lei.
Assim, a CLT estabelece uma série de garantias ao trabalhador que, muitas vezes, não podem ser afastadas, mesmo que ambas as partes estejam de acordo, como o recebimento de férias, 13º salário, FGTS, etc.
A reforma trabalhista de 2017, alterou um pouco essa questão, concedendo maior autonomia negocial para os empregados que possuírem graduação em ensino superior e receberem mais do que o dobro do teto da previdência social (R$ 11.678,90). Contudo, esta é uma realidade muito distante da grande maioria dos brasileiros.
Assim, a autonomia da vontade nos contratos de trabalho existe para dispor, de maneira geral, sobre formas de execução do serviço, como horário de entrada e saída, uso de uniforme, dia do pagamento, valores referentes a comissões, bônus, etc.